La actual Facultad de Ciencias Agropecuarias se creó el 21 de marzo de 1966 según Ordenanza N° 4/66 del H.C.S. con la denominación de Instituto de Ciencias Agronómicas, dependiendo directamente del Rector y del Consejo Superior.
Se trata de una Institución de corta vida, respecto a otras Facultades de la Universidad Nacional de Córdoba, pero que registra importantes aportes en la formación de recursos humanos y en el desarrollo de conocimientos para mejorar la producción agropecuaria, el nivel cultural y el bienestar de la sociedad.
En los fundamentos de la creación del Instituto se establecía que la Institución era una comunidad de profesores y estudiantes que procuraban la formación integral de sus componentes mediante objetivos específicos como preparar científicos y técnicos especializados en todas las ramas y orientaciones de la Ciencia Agronómica, las cuales con los conocimientos adquiridos debían participar del ejercicio y dirección de programas de desarrollo.
Otro de los objetivos era promover el intercambio de información y la realización de programas de investigación, experimentación y extensión con diferentes centros e instituciones nacionales y extranjeras, estableciéndose convenios de ayuda recíproca.
También se planteaba desarrollar planes de investigación relacionados con problemas agronómicos regionales y nacionales que contribuyeran a la conservación de los recursos naturales, para asegurar a la comunidad rural y el país el máximo beneficio económico social.
En las actas fundacionales se establecía que en principio se dictaba la carrera de Ingeniería Agronómica y se otorgaba el título de Ingeniero Agrónomo; Ingeniero Agrónomo Especializado y Doctor en Ciencias Agronómicas Resolución N° 785/66 y se dejaba planteada la posibilidad de crear otras carreras.
La primera persona que se designó para desempeñarse como Director fue el Ing. Agr. Félix A. Marrone; a quien lo secundó una comisión integrada por los profesores Ing. Agr. Armando T. Hunziker, Dr. Ricardo Luti y Dr. Victorio F. Trippi, para concretar el primer plan de estudio.
En el primer plan de estudios el dictado de las cátedras estuvo a cargo de profesores de la Escuela de Ciencias Naturales de la Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales; mientras que el ámbito físico del dictado de las clases eran la Escuela de Ciencias Naturales, el Instituto de Ciencias Químicas y otros espacios pertenecientes a otras facultades.
Los alumnos que aspiraban al título de Ingeniero Agrónomo debían aprobar la totalidad de las asignaturas obligatorias y por lo menos, cuatro optativas; desarrolladas en ocho cuatrimestres. Además cumplimentar un período de práctica no inferior a seis meses en un establecimiento agropecuario, semillero, estación experimental, agencia de extensión u otra institución, que a juicio de la Dirección del Instituto, cumpliera con los fines de formación técnica del futuro profesional.
La cantidad de asignaturas obligatorias eran 32 incluido el idioma inglés, y la cantidad de optativas ofertadas 8. Una característica importante de este plan de estudios era que establecía la cantidad de horas teóricas y prácticas semanales para cada asignatura. La cantidad de horas semanales variaba entre 30 y 32 hs. de acuerdo al cuatrimestre.
Cabe destacar que se creaba por la Resolución N° 785/66 la Escuela Para Graduados, para que los egresados de la carrera de Ingeniería Agronómica pudieran perfeccionarse en las distintas ramas de la Agronomía. Pero sólo se preveía realizar cursos de especialización en Producción Animal, Producción Vegetal, Suelo e Irrigación y Economía Vegetal Agraria.